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| Data de publicação | Data de defesa | Título | Autor(es) | Orientador(es) | Coorientador(es) |
| 30-jul-2016 | 26-fev-2016 | Ação de anestésicos gerais em canais iônicos | Hosoume, Juliana Mayumi | Treptow, Werner L. | - |
| 20-set-2016 | 1-jul-2010 | Ação do colesterol sobre a arquitetura da cromatina : docking molecular do colesterol ao nucleossomo | Fernandes, Vinícius Alves | Santos, Guilherme Martins | Treptow, Werner Leopoldo |
| 24-nov-2025 | 11-mar-2025 | Adaptive patch grid strategy for parallel protein folding using atomic burials with NAMD | Macedo, Emerson de Araujo | Melo, Alba Cristina Magalhães Alves de | - |
| 10-dez-2019 | 25-jun-2013 | Aplicação de estratégias moleculares visando o controle da broca-gigante da cana-de-açúcar (Telchin licus licus, Drury 1770) (Lepidoptera: Castiniidae) | Fonseca, Fernando Campos de Assis | Sá, Maria Fátima Grossi de | - |
| 21-out-2014 | 11-ago-2014 | Avaliação do impacto das vibrações intra e intermoleculares no transporte de cargas em semicondutores orgânicos | Camilo, Ana Cláudia dos Santos | Silva Filho, Demétrio Antônio da | Cunha, Wiliam Ferreira da |
| 16-mai-2022 | 9-fev-2022 | Carboxilação em alcinos terminais catalisada por níquel(0) : termodinâmica, topologia e dinâmica molecular | Sousa, Gabriela Barbosa de | Ferreira, Davi Alexsandro Cardoso | - |
| 16-mar-2022 | 3-dez-2021 | Dinâmica eletrônica e clássica em sistemas biológicos e nanoestruturados | Pereira Júnior, Marcelo Lopes | Ribeiro Júnior, Luiz Antônio | - |
| 8-jul-2025 | 16-dez-2024 | Dinâmica molecular clássica aplicada ao estudo das propriedades térmicas e mecânicas de nanotubos baseados em carbono | Armando, Hudson Rodrigues | Ribeiro Júnior, Luiz Antônio | - |
| 5-out-2018 | 23-mar-2018 | Distribuição angular das seções de choque da reação H + Li2 : um estudo convergido de espalhamento quântico independente do tempo | Rivera Vila, Henrique Vieira | Gargano, Ricardo | Macedo, Luiz Guilherme Machado de |
| 16-out-2018 | 18-mai-2018 | Efeitos na dinâmica do canal Kv1.2 causados pela interação com anestésicos gerais | Souza, Caio Silva | Treptow, Werner L. | - |
| 21-jul-2023 | - | Elastocaloric effect in graphene kirigami | Ribeiro Júnior, Luiz Antônio; Pereira Júnior, Marcelo Lopes; Fonseca, Alexandre F. | - | - |
| 27-set-2019 | 20-mar-2019 | Enterramentos atômicos como possíveis intermediários informacionais no código do enovelamento proteico | Ferreira, Diogo César | Araújo, Antônio Francisco Pereira de | - |
| 11-jul-2022 | 13-mai-2022 | Estudo das propriedades elásticas e padrões de fraturas de membranas de MoX2 (X = S, Se, Te) por dinâmica molecular | Araújo, Cícera Maria Viana de | Ribeiro Júnior, Luiz Antônio | Pereira Júnior, Marcelo Lopes |
| 28-set-2018 | 28-mar-2018 | Estudo dinâmico, eletrônico e cinético dos complexos curcumina-metanol e teobromina-água | Santin, Lauriane Gomes | Gargano, Ricardo | - |
| 5-jun-2019 | 22-out-2018 | Estudo teórico da solvatação aquosa da norepinefrina e das propiedades fotofísicas da epinefrina utilizando a Dinâmica Molecular de Car-Parrinello | Vasconcelos Neto, Arsênio Pereira de | Oliveira, Heibbe Cristhian Benedito de | - |
| 18-jun-2019 | 21-nov-2018 | Estudos computacionais em multiescala de sistemas compostos por amilose, montmorilonita e óleos do cerrado brasileiro, em meio aquoso | Silva, Felipe Azevedo Rios | Maia, Elaine Rose | Sales, Maria José Araújo |
| 10-fev-2026 | 28-nov-2025 | Estudos das propriedades mecânicas de alótropos de carbono 2D : dos potenciais clássicos aos modelos de aprendizado de máquina | Alves, Rodrigo Alkimim Faria | Ribeiro Júnior, Luiz Antônio | Pereira Júnior, Marcelo Lopes |
| 3-dez-2014 | 9-set-2014 | Estudos de espalhamento de raios X nos processos de intercalação de água da argila expansível montemorilonita : simulação e experimento | Ledo, Rodrigo Maia Dias | Silva, Geraldo José da | Silva Filho, Demétrio Antônio da |
| 28-jan-2021 | 1-set-2020 | Estudos in silico de moléculas ligantes de nucleossomo sobre a cromatina | Fernandes, Vinícius Alves | Santos, Guilherme Martins | Treptow, Werner Leopoldo |
| 22-jul-2014 | 31-jan-2014 | A influência dos processos de fotoexcitação e difusão dinâmica de quasi-partículas em semicondutores orgânicos | Carvalho, Guilherme Morais de | Oliveira Neto, Pedro Henrique de | - |