| Data de publicação | Data de defesa | Título | Autor(es) | Orientador(es) | Coorientador(es) |
| 10-nov-2010 | fev-2009 | Avaliação da arborização urbana do Plano Piloto | Lima, Roberta Maria Costa e | Silva Júnior, Manoel Cláudio da | - |
| 18-mai-2015 | 14-mai-2014 | Biomassa, estoque de carbono e nutrientes no Cerrado | Teodoro, Danielle Aparecida Alves | Silva Júnior, Manoel Cláudio da | Bustamante, Mercedes Maria da Cunha |
| 2-mai-2011 | 25-fev-2010 | Comunidades de árvores e o ambiente na floresta estacional semidecidual montana do Pico do Jabre, PB | Cunha, Maria do Carmo Learth | Silva Júnior, Manoel Cláudio da | - |
| 22-jan-2013 | 11-abr-2012 | Comunidades de Campo Limpo no Parque Nacional de Sete Cidades, Piauí | Mendes, Maura Rejane de Araújo | Silva Júnior, Manoel Cláudio da | - |
| 2008 | 2008 | Comunidades lenhosas de cerrado sentido restrito na Serra Dourada em dois substratos | Miranda, Sabrina do Couto de | Silva Júnior, Manoel Cláudio da | - |
| 2-mai-2011 | 25-fev-2010 | Diversidade beta na vegetação da bacia do Rio Paracatu - MG | Ferreira, Fernanda Gomes | Silva Júnior, Manoel Cláudio da | - |
| 8-jan-2010 | 2007 | Fitossociologia e sobrevivência de árvores na mata de galeria do córrego Pitoco, reserva ecológica do IBGE, DF, em 2006, após dois incêndios, 1994 e 2005 | Parca, Maria Luiza Spinelli | Silva Júnior, Manoel Cláudio da | - |
| out-2008 | out-2008 | Morfologia de plântulas de espécies lenhosas do cerrado | Montoro, Gustavo Ribeiro | Silva Júnior, Manoel Cláudio da | - |
| 22-jan-2014 | abr-2013 | O cerradão e o cerrado sentido restrito no Jardim Botânico de Brasília | Caseiro, Renata Alves | Silva Júnior, Manoel Cláudio da | - |
| 26-nov-2015 | 14-mar-2014 | O cerradão e o cerrado sentido restrito no Parque Ecológico dos Pequizeiros, Distrito Federal | Casella, Felipe Meirelles | Silva Júnior, Manoel Cláudio da | Munhoz, Cássia Beatriz Rodrigues |
| 19-set-2013 | 12-jul-2013 | Padrões da distribuição de plantas arbóreo-arbustivas em meso-escala no pantanal de Mato Grosso | Costa, Cândida Pereira da | Felfili, Jeanine Maria; Silva Júnior, Manoel Cláudio da | Cunha, Cátia Nunes da |
| 2-mai-2011 | 24-fev-2010 | Vinte quatro anos de sucessão vegetal na mata de galeria do Córrego Capetinga, na Fazenda Água Limpa, Brasília, Brasil : 1983-2007 | Oliveira, Maria Cristina de | Silva Júnior, Manoel Cláudio da | - |
