http://repositorio.unb.br/handle/10482/55312| File | Description | Size | Format | |
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| LaraDeSouzaMoreno_DISSERT.pdf | 2,03 MB | Adobe PDF | View/Open |
| Title: | Análise radiômica do câncer colorretal correlacionada com marcadores moleculares de biópsia líquida |
| Authors: | Moreno, Lara de Souza |
| Orientador(es):: | Silva, Fábio Pittella |
| Coorientador(es):: | Medeiros, Tony Alexandre de |
| Assunto:: | Câncer colorretal Tomografia computadorizada Aprendizado de máquina Biópsia líquida |
| Issue Date: | 8-Jul-2026 |
| Data de defesa:: | 12-Dec-2025 |
| Citation: | MORENO, Lara de Souza. Análise radiômica do câncer colorretal correlacionada com marcadores moleculares de biópsia líquida. 2025. 78 f., il. Dissertação (Mestrado em Ciências Médicas) — Universidade de Brasília, Brasília, 2025. |
| Abstract: | O câncer colorretal (CCR) é uma das neoplasias de maior impacto global, tanto em incidência quanto em mortalidade. A radiômica, ao extrair informações quantitativas de imagens médicas, tem emergido como uma ferramenta promissora para caracterizar a heterogeneidade tumoral de forma objetiva e potencialmente prever desfechos clínicos e biológicos. Este estudo teve como objetivo avaliar a capacidade de assinaturas radiômicas derivadas de tomografias computadorizadas (TC) em distinguir tumores T1-T2 de T3-T4, correlacionando esses achados com o perfil molecular determinado por sequenciamento tumoral e biópsia líquida (cfDNA/ctDNA). Foram incluídos 53 pacientes (55 tumores) com diagnóstico confirmado de adenocarcinoma colorretal, sem tratamento prévio. As imagens de TC trifásica foram segmentadas manualmente na fase portal, e um total de 107 características radiômicas foram extraídas usando a biblioteca PyRadiomics, agrupadas em medidas de forma, primeira ordem e textura. O pré-processamento incluiu normalização (z-score), redução de dimensionalidade por PCA e aumento sintético de dados via SMOTE. Foram realizados 990 experimentos para predição de estágio T e 990 para estágio N, utilizando 11 algoritmos de aprendizado de máquina e 15 subconjuntos de features, totalizando 100 repetições por experimento. A melhor performance para predição do estágio T foi obtida com o classificador Regressão Logística, utilizando apenas features de forma, normalizadas, aumentadas via SMOTE e reduzidas por PCA, apresentando sensibilidade média de 72,1%, especificidade de 68,0%, acurácia balanceada de 70,0% e AUC de 75,1%. Para predição do estágio N, o melhor desempenho foi obtido com o AdaBoost usando exclusivamente features de textura, normalizadas e balanceadas por SMOTE, com sensibilidade média de 74,2%, especificidade de 62,2% e AUC de 75,0%. A análise da biópsia líquida demonstrou variabilidade substancial na carga mutacional circulante (ctDNA/cfDNA), sem relação linear clara com o volume tumoral. Contudo, casos específicos apresentaram cargas mutacionais elevadas apesar de lesões pequenas, sugerindo perfis biológicos mais agressivos e liberação desproporcional de DNA tumoral. O sequenciamento tumoral com o painel Oncomine™ Comprehensive Assay Plus permitiu caracterização abrangente de SNVs, InDels, CNVs, LGRs, fusões, MSI e TMB, enriquecendo a correlação radiogenômica. Este estudo demonstra que assinaturas radiômicas derivadas de TC possuem potencial para auxiliar no estadiamento pré-operatório do CCR e para integração futura com biomarcadores moleculares. Entretanto, limitações como o tamanho reduzido da amostra, a natureza unicêntrica e a necessidade de validação externa restringem a generalização dos resultados. No futuro, espera-se incorporar dados genômicos e de biópsia líquida às assinaturas radiômicas desenvolvidas, com o objetivo de predizer perfis genéticos e aprimorar a estratificação de risco na prática clínica. |
| Abstract: | Colorectal cancer (CRC) remains one of the most prevalent and lethal malignancies worldwide. Radiomics, by extracting quantitative descriptors from medical imaging, has emerged as a promising tool to objectively characterize tumor heterogeneity and potentially predict clinical and biological outcomes. This study aimed to evaluate the ability of radiomic signatures derived from computed tomography (CT) to distinguish early-stage (T1–T2) from advanced-stage (T3–T4) tumors and to correlate these imaging features with molecular profiles obtained through tumor sequencing and liquid biopsy (cfDNA/ctDNA). A total of 53 patients (55 tumors) with histologically confirmed colorectal adenocarcinoma and no prior treatment were included. Portal venous–phase CT scans were manually segmented, and 107 radiomic features were extracted using the PyRadiomics library, including shape, first-order, and higher-order texture descriptors. Preprocessing steps comprised z-score normalization, dimensionality reduction using PCA, and synthetic data augmentation with SMOTE. A full experimental pipeline was conducted with 990 models for T-stage prediction and 990 for N-stage prediction, combining 15 feature subsets, 11 machine-learning algorithms, and 6 preprocessing strategies, each repeated 100 times. For T-stage classification, the best performance was achieved by Logistic Regression using shape features that had been normalized, SMOTE-balanced, and reduced by PCA, yielding a mean sensitivity of 72.1%, specificity of 68.0%, balanced accuracy of 70.0%, and AUC of 75.1%. For N-stage prediction, the AdaBoost classifier using only texture features with normalization and SMOTE balancing outperformed other models, showing a mean sensitivity of 74.2%, specificity of 62.2%, and AUC of 75.0%. For liquid biopsy analysis, circulating cell-free DNA (cfDNA) was obtained from patients at the time of diagnostic CT acquisition. Circulating tumor DNA (ctDNA) was identified through cfDNA sequencing using a comprehensive panel covering more than 240 mutations across the 14 genes most frequently altered in colorectal cancer. Quantification of ctDNA was represented by the total variant allele frequency (VAF) of the identified mutations. Substantial variability was observed in the circulating mutational burden (ctDNA/cfDNA), with no clear linear relationship to tumor volume. However, specific cases exhibited high mutational burdens despite small lesion size, suggesting more aggressive biological profiles and disproportionate release of tumor derived DNA. This study demonstrates the potential of CT-based radiomic signatures to assist in preoperative staging of CRC and highlights the future value of integrating imaging features with molecular biomarkers. However, limitations such as small sample size, single-center design, manual segmentation, and the absence of external validation constrain broader applicability. Future directions include incorporating tumor genomic data and liquid biopsy results to enhance radiomic signatures and enable the prediction of molecular profiles, contributing to precision oncology in colorectal cancer. |
| metadata.dc.description.unidade: | Faculdade de Medicina (FM) |
| Description: | Dissertação (mestrado) — Universidade de Brasília, Faculdade de Medicina, Programa de Pós-Graduação em Ciências Médicas, 2025. |
| metadata.dc.description.ppg: | Programa de Pós-Graduação em Ciências Médicas |
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| Appears in Collections: | Teses, dissertações e produtos pós-doutorado |
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